Wenn ich das richtig verstanden habe, wollt ihr das Programm auf dem Webserver ausführen. Dazu bietet PHP verschiedene Möglichkeiten, welche aber stark umstritten sind, weil sie die Gefahr einer Sicherheitslücke maximieren. Hier findest Du PHP-Funktionen zum ausführen von Programmen auf dem Server: http://de2.php.net/manual/en/ref.exec.php

Wenn ich Dich aber falsch verstanden habe, und Ihr das Programm automatisch auf dem Client ausführen wollt, dann habt Ihr im Prinzip gelitten, weil das mit jeder vernünftigen Software aus Sicherheitsgründen unterbunden wird. Da blieben dann nur folgende Workarounds, die natürlich völliger Quatsch sind:

• Ein Plug-In-Objekt, das im Browser läuft (Java-Applet, Flash-Animation, ...)
• Eine Java-Script- oder AJAX-Lösung (ist für Euren Fall vermutlich ungeeignet)
• Einen Exploit umsetzen, um eine Sicherheitslücke im Browser auszunutzen und Code auf dem Client auszuführen (funktioniert dann jeweils nur mit der einen bestimmten Browserversion und ist vermutlich nicht so richtig legal)

PS: CGI benötigt man dann, wenn man ein Programm hat, das HTML-Code (oder ähnliches) ausgibt und vom Webserver gestartet werden soll, wannimmer eine (bestimmte) URL abgerufen wird. Der Webserver leitet dann die Ausgabe des Programms, das auf dem Server ausgeführt wird, als Seiteninhalt an den Client weiter. Auch das ist aus Sicherheitsgründen umstritten und zudem unnötig, wenn man sowiso PHP auf dem Server laufen hat und daher diese Funktionen nutzen kann. Natürlich könnten aber z.B. Performance-Gründe am Ende doch CGI den Vorzug geben.

http://de3.php.net/manual/de/function.exec.php
Damit wird ein Programm auf dem Server ausgefuehrt. Die Webseite ein Programm auf dem Client ausfuehren zu lassen ist zwar moeglich, aber ziemlich aufwendig zu realisieren (zumal der Nutzer es explizit erlauben muss).