Habe eben selbiges Problem gehabt.
Frage: Läuft bei dir der bind in der chroot? Wenn ja, muss der Key auch in /var/named/chroot/etc/ liegen! Bei mir war er nach der Umstellung im /etc/. In der chroot hatter er 0 bytes.
PS: Den Pfad in der rncd.conf anpassen: include "/var/named/chroot/etc/rndc.key";