fuer das 3d-zeugs brauchst du extra software (sofern die noch nicht drauf ist), wie bspw. compiz fusion.
du kannst deinen window manager aber auch ohne 3d-features entsprechend konfigurieren, sodass du eine beliebige zahl von desktops hast.
anscheinend zeigt deiner immer auch die anwendungen an, die auf anderen desktops liegen, das kannst du im normalfall auch abstellen, sodass nicht "alle apps minimiert" sind.
guck dir mal die settings deines window managers genau an oder google oder lies die doku oder sowas.
mfg,
julian