Es gibt verschiedene Window-Manager. Der Window-Manager bestimmt, wie die Fenster behandelt werden. Bei Ubuntu dürfte der Standard "Metacity" von Gnome sein oder mit den Effekten "compiz" oder so.
Ehrlich gesagt, weiß ich nur vom "Enlightenment" und "Window Maker" Window-Manager sicher, dass sie den Fensterrand oder die Titelleiste, je nach Theme, ganz oder teilweise entfernen und sich das vor allem auch für ein bestimmtes Fenster merken können.
Guck am besten mal in die Doku Deines Window-Managers, da steht das dann hoffentlich erklärt.
PS: Abgesehen von den "Desktop-Environments", wie Gnome oder KDE, kann man sich den Window-Manager für die Sitzung eigentlich beim Login oder Starten von X aussuchen. Daher kann man natürlich Mehrere parallel installiert haben.