Ich habe zwar keine Ahnung von SuSE, KDE und ATI, aber um Deinem Problem auf den Grund zu gehen, könntest Du die Fehlermeldungen in den Logs des X-Servers anschauen.
Andere Logs könnten auch wertvolle Infos liefern, die man Anhand der Zeitangaben mit den Problemen in Verbindung bringen könnte.
Außerdem könntest Du die Anwendung die nicht startet aus einem Terminal heraus starten, dann siehst Du evtl. Fehlermeldungen von ihr.
Eine Anwendung, die das System zum hängen bringt könntest Du ebenfalls in einem Terminal starten oder die Ausgabe (insbesondere stderr mit "2>&1") in eine Datei umleiten, die mit chattr das "S" gesetzt hat, um die Fehlermeldung zu sehen. Letzteres könnte aber böse für's Dateisystem sein...