Wenn Dein Mauszeiger im VNC-Fenster ein weiß umrandetes, kleines, schwarzes X ist, dann funktioniert VNC tadellos. Es ist nur kein X-Client auf dem VNC-Xserver aktiv und ein Window-Manager sollte in den meisten Fällen eigentlich der erste X-Client sein, weil sonst kannst Du ja nix machen, auf Deinem ansonsten super funktionierenden VNC-Xserver.
Du könntest beispielsweise jetzt eine SSH-Verbindung zum Server aufbauen, Dich am Xserver des VNC durch MIT-Magic-Cookies authentifizieren, Deine DISPLAY-Umgebungsvariable auf den VNC-Xserver stellen und dann einen X-Client, z.B. xterm, starten und dann würde in dem Fenster mit dem kleinen X plötzlich ein XTerm-Fenster aufgehen.